Vjenské hnutí True Patriots v čele s obětavým Tredwayem se ve hře pokusí svrhnout americkou vládu a bude cílit na její čelní představitele i nejznámější podnikatele. Problém je, že rekruti True Patriots na hlavách nemají turbany, ani nemluví arabsky, takže pro tým Rainbow 6 je téměř nemožné je identifikovat v davu. A aby to bylo celé zajímavější, v průběhu hry si zahrajete nejen za zvláštní tým, ale právě i za "opravdové patrioty".

Souboje mají být brutálnější a hra v nich bude rozlišovat, kdy protivníka střelíte do ramene, kdy do nohy a kdy do obličeje. Spolu s tím dozná zásadní proměny také vnitřní fungování týmu Rainbow, kterému povelí bývalý člen jednotek SEAL James Wolfe.

Vyznačuje se prý tím, že si zvlášť neláme hlavu s rozkazy a pokud má pocit, že nejedná v rozporu s etikou, rád si vypomůže nějakou kličkou, aby se hnutí Patriotů dostal na kobylku. Vy ovšem budete hrát za nováčka v týmu, který ve Wolfeovi vidí jakéhosi náhradního otce.