FF XIII-2 bude opět využívat bojového systému Active Time Battle s lehkými variacemi a obměnami: přibude např. možnost ovládat obtížnost jednotlivých střetů a během bitev vás tu a tam čekají nějaké filmové quicktime eventy, kdy budete mačkáním tlačítek v pořadí určeném na obrazovce moci ovlivnit další průběh zápasu. V průběhu hry půjde zkrotit divoké zvíře, zařadit ho do své party a díky nové funkci jménem Feral Link jej posléze využít i v bitvách.
Zásadní novinkou je, že narozdíl od FF XIII a dvanáctého dílu už se monstra nebudou náhodně pohybovat na mapě, nýbrž se zjeví náhodně ve chvíli, kdy se jim přiblížíte. Podle toho, jak rychle vpadnete do souboje, vás hra pak případně odmění za odvahu či rychlost. Rozhovory s NPC budou probíhat v rámci klasického dialogového stromu, z nějž si vyberete tu nejlepší odpověď, a puzzly se tentokrát mají točit kolem spravování anomálií a paradoxů ve skutečném světě a dalších dimenzí.
