"Při tvorbě Mass Effect 2 jsme museli vyříznout kus děje [na Babylonu 5], který se částečně vztahoval k původnímu Mass Effectu," řekl časopisu Walters. "Teď znovu ožije v Mass Effectu 3, což mi dělá radost. Nemohu ale přesněji prozradit, o co tu půjde." Ohledně scénáře hry je dobré si připomenout i pár týdnů stará slova Dr. Raye Muzyky z BioWare, který v reakci na leak interní betaverze upozornil, že scénář ME3 se oproti uniklé verzi změní - dost možná i na základě reakcí hráčů.