Jedna tamní zemička se tam totiž touží stát členem nukleárního klubu, ale protože nemá přístup ke zdrojům potřebným na výrobu jaderné zbraně, zafinancuje alespoň revoluci v jiné zdejší malé zemičce, která kýženými zdroji vládne. Té se taková okupace pochopitelně vůbec nelíbí a tak vás její bývalá vláda kontaktuje, abyste situaci vyřešili a pomohli jí zde opět získat moc. Vzhledem k možným následkům to nebude možné provést otevřeně.

zdroj: tisková zpráva zdroj: tisková zpráva zdroj: tisková zpráva
Jagged Alliance 3D by vám měla v rámci výše nastoleného příběhu nabídnout celkem asi 20 misí. Některé z nich (konkrétně 12) budou pro postup ve hře nezbytně nutné, jiné (zbylých 8) ne. Hra tentokrát poběží v reálném čase (její interface pro to bude uzpůsoben) s možností jejího zastavení. Ovládat budete skupinu až šesti bojovníků. Vybrat si budete moci ze tří stupňů obtížnosti. Mise se považuje za vyřízenou, až když jsou zlikvidováni všichni nepřátelé. Těch se vám během hraní představí asi 12 typů. Za úspěšné dokončení každého poslání získáte peníze. Ale nejen to. Váš tým také získá cenné zkušenosti. Během jednotlivých levelů budete moci najímat nové žoldáky (30 unikátních postav), kupovat/prodávat vybavení a vybírat své další mise. Děj hry vás zavede do různého prostředí - horské, městské, pobřežní, aj., které prý bude velice interaktivní.