Děj nás zanese do roku 2040, kdy je Země obsazena vetřelci, před nimiž se stačila evakuovat jediná vesmírná loď. Vaším úkolem bude (jak jinak) se na Zemi vrátit a vetřelce vyhnat. Imperium Galactica III se bude od předcházejících dvou velmi úspěšných dílů trochu lišit - vydatavel CDV chce spíše než "SimCity ve vesmíru s trochou boje" zdůraznit právě bojovou složku hry. Kolonie tak sice budete stavět, ale starat se budete hlavně nikoli o pohodlí zaměstnanců a obyvatel, ale o systémy k upgradu lodí a zbraní. Hra přinese několik desítek misí, některé budou provázány přímo s příběhem, další nabídnou například po ukončení nové designy lodí či lepší vybavení.