Vivendi s ní stále nebyli spokojeni a rozhodli se hru nevypouštět, dokud ji celou nepřepracují. Během posledního roku vývoje, od dema z ledna 2006, tedy titul doznal pořádných změn. Kdysi vesele barevnou grafiku nahradilo nehostinné, ponuré prostředí plné temných koutů a vybombardovaných komplexů - trochu jako z F.E.A.R., což není náhoda, protože na němž pracoval mj. stejný umělecký ředitel. Také se kompletně změnil příběh a způsob ovládání času.

Hlavním hrdinou se nestane Colonel Swift, nýbrž jiný z týmu rebelů, bojujících proti hlavnímu bossu Kronovi. Zásádním prvkem bude hráčův oblek zvaný S.A.M. (Strategic Systems for Adaptable Metacognit), který mu dovolí manipulovat s časem. Namísto dřívějších tří tlačítek se čas bude ovládat pomocí jediného, přičemž právě S.A.M. (konkrétně jeho Flux Capacitor) sám pozná, jestli je potřeba čas zastavit, zpomalit nebo vrátit o něco zpět. Pokud po vás tedy např. někdo hodí granát, stisknutím jediné klávesy S.A.M. vrátí čas o něco zpět, aby výbuch postavu nezasáhl. Pro bezpečný přechod přes houpající se pilíř zase bude potřeba čas zastavit úplně. Jindy bude stačit po vzoru bullet-time jen náležitě zpomalit a třeba vytrhnout stráži zbraň, než ji nakonec pošlete na věčnost.

zdroj: tisková zpráva zdroj: tisková zpráva zdroj: tisková zpráva
Jak prozrazují aktuální screenshoty, došlo k velikým změnám v enginu, takže předlohy modelů postav nyní mají být sestaveny až 5 milionů polygonů namísto dřívějších 2500. Timeshift bude rovněž jednou z prvních her využívajících novou verzí fyzikálního enginu Havok (v4.5). Grafika má přitom jít do takového detailu, že např. při zpomalení času budou za děště vidět jednotlivé kapky i s tím, jak za sebou rozmazávají pozadí.